Muzikološki inštitut je eden od 18 raziskovalnih inštitutov Znanstvenoraziskovalnega centra Slovenske akademije znanosti in umetnosti. Deluje od leta 1980 in je edina samostojna raziskovalna skupina s področja muzikologije v Sloveniji, ki se ukvarja predvsem s preučevanjem starejše glasbene dediščine na geografskem prostoru današnje Republike Slovenije. Raziskovalci glasbene vire sistematično urejajo, preučujejo, umeščajo v širši vsebinski okvir in rezultate redno objavljajo. Hkrati skrbijo za izvedbe manj znane, a zanimive glasbe v okviru koncertnega cikla Harmonia concertans – stara glasba na Novem trgu.
Muzikološki inštitut v okviru zbirke Monumenta artis musicae Sloveniae pripravlja znanstveno kritične izdaje glasbenih del domačih in na Slovenskem delujočih avtorjev starejših obdobij. Sodeluje v mednarodnih muzikoloških projektih Répertoire international des sources musicales in Répertoire international de littérature musicale, pri katerih popisuje glasbene vire (RISM) in muzikološko literaturo (RILM).
V Sloveniji se je do danes ohranilo več kot 6000 starejših glasbenih del v rokopisnih prepisih ali avtografih. Ta skupaj s številnimi preživelimi glasbenimi tiski do 18. stoletja predstavljajo fond starejše glasbene dediščine v Republiki Sloveniji. Izvirniki, rokopisi oz. tiski se hranijo v triintridesetih arhivih in knjižnicah po vsej Sloveniji. Leta 1993 se je Muzikološki inštitut priključil popisu glasbenih rokopisov iz obdobja 1600–1850 v seriji A/II mednarodnega dokumentacijsko-muzikološka projekta RISM.
Popis tekoče muzikološke literature za Slovenijo poteka v sodelovanju z RILM-om (Répertoire international de littérature musicale) v New Yorku od leta 1984; leta 1991 je bila ustanovljena področna delovna skupina za Slovenijo, ki ima sedež na Muzikološkem inštitutu.
Sodelavci Muzikološkega inštituta objavljajo izsledke raziskav v mednarodnih znanstvenih revijah, simpozijskih in drugih zbornikih ter jih javno predstavljajo na samostojnih predavanjih na domačih in mednarodnih znanstvenih srečanjih. Organizirajo mednarodna znanstvena srečanja, pripravljajo izobraževalne razstave in organizirajo koncerte. Od leta 2005 Muzikološki inštitut izdaja novo znanstveno revijo De musica disserenda.
Med publikacijami inštituta so Izbrana dela iz Hrenovih kornih knjig 1, ki vsebuje dve dvozborski maši s prehoda iz 16. v 17. stoletje, Umetnost glasbe v času od Monteverdija do Bacha, ki prikazuje zgodovino evropske umetne glasbe v obdobju baroka, in Srednjeveški koral v kartuziji Žiče. Pogled skozi oči najstarejšega samostanskega antifonarja. Več o teh in ostalih publikacijah lahko preberemo na povezavi https://mi.zrc-sazu.si/sl/publikacije#v.
